运管部门扣留车辆的最长时间为 两个月，但具体情况会有所不同：
常规扣留期限：
正常情况下，运管部门扣车一个月，最长不超过两个月。
特殊情况下的延长：
若情况复杂，经行政机关负责人批准，扣留期限可以延长，但延长期限也不得超过30日。
技术鉴定时间：
交警在扣走车辆进行鉴定时，鉴定时间为3天，这一时间不计入扣留期限。
法律依据：
相关法律规定，查封、扣押的期限不得超过三十日，除非有其他法律、行政法规另有规定。
综上所述，运管部门扣车的最长时间为两个月，但在特殊情况下，经过适当的批准，可以延长扣留期限。车主在接到扣车通知后，应当尽快了解具体情况，并按照法律程序进行处理，以确保自身权益不受侵害。