1997年重庆恢复直辖下辖43个区市县，既有由原重庆市直管的21个区县市，也有由万县市、涪陵市、黔江地区代管的22个区县市，更像一个省的架构，情形极为复杂。
重庆首先是对万县市、涪陵市、黔江地区进行区划调整，目的是减少中间环节，实现直管。1998年2月，撤销万县市及其所辖的龙宝、天城、五桥，设立万县区，后改成万州区。同时成立万县移民开发区，代管原万县市所辖且有移民任务的忠县、云阳、奉节、开县、巫山、巫溪等6县，梁平、城口，则由重庆市直接管理。撤销涪陵市及其所辖的枳城、李渡，设立涪陵区。原涪陵市所辖的南川以及垫江、丰都、武隆，由重庆市直管。撤销黔江地区，设立黔江开发区，代管黔江、石柱、彭水、酉阳、秀山。2000年7月，重庆撤销万州移民开发区和黔江开发区，所辖的区县均由重庆市直管，同时在原黔江土家族苗族自治县基础上，设立黔江区。
在实现直管后，重庆行政区划调整的重心放在撤县（市）设区上。从2000年底的14个区4个县级市22个县到目前的26个区12个县，经历了多次调整。2001年长寿率先实现撤县设区。2007年江津永川合川南川四个县级市的设区，使得重庆下面不再有“市”，行政区划更加清晰。
2011年綦江县与万盛区、大足县与双桥区的合并设区，有利于綦江“渝南门户”、大足“成渝之间经济高地”的建设，使之成为渝南和渝西地区的经济重镇，并确立了重庆38个区县的格局。不过，綦江与万盛的合并，由于种种原因，并没有达到预期的目的，双方的隔阂还比较严重。2015年璧山、铜梁、荣昌、潼南4县的撤县设区，使得主城周围的21个县全部设区。
与此同时，渝东北的开县、梁平和渝东南的武隆也分别于2016年实现设区。自此以后，重庆撤销设区工作告一段落。下一批设区的县很可能是今年纳入主城都市区的垫江和万开云同城化成员的云阳。