微型企业不能注销的原因可能包括以下几点：
税务问题
公司存在未解决的税务问题，如欠缴税款、账目不清等，这些都需要得到妥善处理，否则注销申请将无法通过。
合同问题
公司在经营过程中可能签署了一些合同，如租赁合同、供应商合同、客户合同等。如果合同未处理完善，会增加注销的难度。
债务问题
公司如果有未偿还的债务或未解决的债权问题，注销会面临阻力。需要在注销前处理所有债务并获得债权人同意。
存活率考核指标
微型企业如果已经领取了财政补助资金的，原则上不允许注销，这是为了完成政府设定的存活率考核指标。
其他行政或法律限制
分公司或子公司尚未注销；提供的凭证、账簿和报告无效；提供的文件不完整；非正常户申请注销时要先办理税务注销；经营异常等情况也会导致公司无法注销。
综上所述，微型企业不能注销的原因多种多样，涉及税务、合同、债务等多个方面，以及可能存在的政府考核指标和其他行政限制。建议在决定注销前，仔细检查和处理所有相关事项，以确保注销过程顺利进行。