日本大学院的教育体制分为前期和后期。前期相当于中国的研究生教育，学生毕业后取得修士（硕士）学位。后期则相当于中国的博士生教育，学生毕业后取得博士学位。
前期（Graduate School前期）：通常为2年制，学生在这里进行专业研究，完成论文，毕业后获得修士学位。
后期（Graduate School后期）：通常为3年制，但医学博士为4年制，学生在这里进行更深入的研究，完成博士论文，毕业后获得博士学位。
日本大学院不是独立的教育机构，而是大学的内部分支机构。学生可以申请进入这些分支机构进行更高层次的研究和学习