组合贷款相较于单一贷款存在以下缺点：
手续繁琐：
组合贷款涉及公积金贷款和商业贷款两种方式，需要分别办理相应的手续，准备的材料也较多，导致整体流程较为复杂。
费用较高：
组合贷款除了需要支付公积金贷款和商业贷款的利息外，还需要支付担保费、评估费、中介服务费等额外费用，整体费用相对较高。
办理银行有限：
能够承办组合贷款的银行较少，借款人选择范围有限，可能会影响其贷款需求。
贷款时间较长：
由于组合贷款涉及两种贷款的审批和办理，贷款时间通常较长，可能会影响购房进度。
置业升级受限制：
组合贷款中的商业贷款部分会在央行征信系统中留档，影响借款人的置业升级和再次申请贷款，需要特别注意政策变化。
分配不均：
组合贷款中公积金贷款和商业贷款的分配比例需要合理控制，否则可能导致某一方的利率优势无法充分发挥。
综上所述，组合贷款虽然提供了更多的贷款额度和还款方式选择，但其在手续、费用、办理银行、贷款时间以及置业升级等方面存在明显的劣势。借款人在选择组合贷款时，应充分考虑这些因素，做好充分的财务规划和准备。