有流量还扣费的原因可能有以下几点：
流量超出套餐限制：
用户可能办理了某种流量套餐，但在使用过程中超出了套餐规定的流量限额，因此需要额外支付费用。
定向流量使用：
有些流量是定向流量，只能用于特定的应用或网站。如果用户在使用这些应用时产生了额外流量，即使手机还有剩余流量，也会被扣除话费。
流量使用顺序：
有时候流量使用有优先级，先使用完高优先级的流量，再使用低优先级的流量。如果高优先级的流量已经用完，而低优先级的流量还未使用，用户可能会误以为还有流量剩余。
网络接入点问题：
有些运营商的套餐流量是区分cmwap与cmnet接入点的。如果用户使用了错误的接入点，即使流量未用完，也会被扣话费。
套餐设计复杂：
运营商的套餐设计可能较为复杂，包含多种服务类型和网络资源，用户在使用过程中可能未能充分了解，导致产生额外费用。
技术故障或恶意扣费：
有时候可能存在技术故障或恶意扣费的情况，用户可以联系运营商客服进行咨询和投诉。
为了弄清楚具体原因，用户可以采取以下措施：
查询账单：查看详细的账单信息，了解流量使用情况和扣费原因。
核对流量类型：确认使用的流量类型（如本地流量、省内流量、国内流量、定向流量等），并确保没有超出套餐限制。
检查网络接入点：核对手机使用的网络接入点是否正确，避免使用错误的接入点导致额外扣费。
联系运营商客服：如果对扣费有疑问，可以拨打当地运营商的客服热线进行咨询或投诉。
通过以上步骤，用户可以更好地理解有流量还扣费的原因，并采取相应措施避免不必要的费用。