物流公司的跟单员主要负责以下工作：
订单处理与客户沟通
记录和回复客户订单信息，处理客户投诉和售后问题。
与客户沟通确定订单需求，通过传真形成书面订单，并确认无误后核定打款金额。
内部协调与进度跟踪
与财务沟通，确定客户定金到账后向生产处下发订单，并在订单生产过程中进行进度跟踪，确认出货日期。
安排仓库备货、验货、装车以及运输等事宜。
在途跟踪与异常处理
根据调度指令，跟进相关运输供应商或司机的运输途中情况，及时向运输部门领导反馈途中发生的异常，并跟进后续处理结果。
确认货物送交客户的完好状态，记录实际送抵时间，并了解收货人意见。
回单管理与财务对接
跟进送货公司，完好保存回单，在固定时间内将回单返回始发公司，并整理回单。
对回单进行核查，对照回单跟踪表，核查应回未回回单情况，针对有问题回单，向上级反馈，并跟进回单补签结果。
销售清单与日报表
负责每日销售清单的录入，制作成日报表后提交给上级。
物流调度与现场管理
执行总调度的任务，完成客户单位的物流任务，包括带领公司派遣的车辆到客户单位，对货物装载现场的管理及沟通协调，及现场突发事件的处理。
费用控制与记录
在具体业务操作中进行费用控制和费用登记。
数据分析与报表制作
跟踪监控出库订单物流轨迹，统计分析物流数据，整理制作各渠道的物流报表。
维护物流渠道，登记、跟踪和反馈处理异常问题订单。
跨部门协调
沟通协调好仓库与物流供应商之间的配合关系。
与运营管理中心保持密切联系，反馈相关运作信息。
其他临时性任务
完成上级领导交办的其它临时性工作任务。
通过以上内容可以看出，物流跟单员在物流过程中起着至关重要的作用，需要具备较强的沟通能力和应变能力，同时熟练掌握常用办公软件和相关专业知识。