别府市内的主要大学有两所：
别府大学：
成立于1908年，是日本政府文部省批准成立的具有悠久历史的高等学府。学校位于九州地区大分县别府市北石垣82，前身丰州女子学校。1945年开设别府女子学院，1954年改称为别府大学，1981年设立研究生院。此外，别府大学还设有为海外留学生学习日语的大学预科。
立命馆亚洲太平洋大学（APU）：
成立于2000年，是日本文部科学省选定的“超级国际化大学计划（Top Global University Project）”所重点投资的37所大学之一，也是日本G5大学交流协定成员之一。APU是日本第一所完全实施英日双语授课教学的大学，设有学士、硕士、博士学位课程。
建议：
别府大学是一所历史悠久且国际化程度较高的综合性大学，适合追求全面学术研究和专业发展的学生。
立命馆亚洲太平洋大学则是一所注重国际化教育和双语教学的大学，适合希望在国际环境中学习的学生。