微生物造成的危害
细菌类：
细菌性食物中毒在食物中毒最为多见。占食物中毒事件的30%～90%，人数占食物中毒总人数的60%～90%。近几年来引起食品安全的事件有沙门氏菌、葡萄球菌、李斯特菌等。
《GB 29921-2021食品安全国家标准》《 预包装食品中致病菌限量》
在世界各国的各类细菌性食物中毒中,沙门氏菌引起的食物中毒常列榜首。1994年美国由于冰淇淋污染沙门氏菌使22.4万人受感染。我国内陆地区也以沙门氏菌占首位。沙门氏菌产生细胞内毒素使感染者致病，沙门氏菌对婴儿、老人和免疫功能低下的人群具有很高的危险性,发生死亡多在这类人群中。
真菌类：
真菌是一类生命力极强的微生物，是造成食品工业巨大经济损失的主要腐败微生物。由酵母和霉菌造成的食品和饮料等产品的污染案例众多，同时其还出现在海产品、肉制品、熟食和新鲜的蔬菜中，每年都会给生产者和消费者造成极大的经济损失。
据统计，25%的农产品都含有真菌毒素，在烘烤行业，真菌造成的损失随着季节、产品种类、加工方法的不同在3%—10%之间浮动。假设仅有1%的损失，在英国每年由霉菌造成的污染的面包就有23000吨，价值2.42亿英镑。在澳大利亚每年真菌造成的经济损失大约在1千万美元。在水果行业，水果采摘后，在使用杀菌剂的情况下也会有5%—10%的损失，在某些没有使用杀真菌剂的年份，损失达50%甚至更高。
病毒：
病毒是微生物中的一个类群，体积之小，要在电子显微镜下才能看见。近几十年来，病毒学研究突飞猛进，有关食品污染病毒的报道也越来越多，从污染食品已发现了多种病毒，如肝炎病毒、小儿麻痹病毒、流感病毒、肠道病毒等。
有些病毒可在自然环境中，如土壤，水，空气中存在相当长的时间。如脊髓灰质炎病毒可在污泥和污水存留10天以上，可通过污染的蔬菜导致小儿患小儿麻痹症。无论何种病毒污染食品，一旦被适宜的寄主摄入，即可大量繁殖，即而引起相应的病毒病，对肌体产生各种各样的危害。
微生物寿命及繁殖速度
据研究，微生物在的存活寿命是2天至200天之间，某些芽孢可以休眠数百到数千年。微生物繁殖速度：在合适的环境和温度下，微生物繁殖需要的时间为15-20分钟：
时间 微生物数量
20分钟 2
200分钟 1,024
400分钟 1048,576
600分钟 1073，741，824
800分钟 1059，511，627，766
由于食品行业涉及的生产、存储环境、设备器械、产品等富含营养物质，特别适合微生物生存和繁殖，所以必须要对食品行业涉及的各个环节进行严格的消毒杀菌处理，防止微生物对行业造成危害。