当修路需要占用水井时，应当遵循以下步骤和原则：
协商赔偿
施工单位在施工前应当与水井所有权人进行协商，并达成协议，明确赔偿方式和金额。
补偿标准
补偿费用通常包括土地补偿费、安置补助费以及地上附着物和青苗的补偿费。
具体补偿金额会根据被征收土地的原用途、土地受损失情况、以及当地的具体政策来确定。
法律途径
如果双方无法就赔偿事宜达成一致，可以通过协商、调解或诉讼的方式解决。
政府责任
市政部门在修路工程中需要填充水井时，会进行相应的民事补偿。
证据收集
在进行任何补偿之前，应当先搜集相关证据，例如水井的所有权证明、施工影响评估报告等，以便在需要时提供。
监督与分配
集体所有的补偿费用应当公开使用，接受村民监督，并通过村民会议或村民代表会议讨论通过。
建议：
尽量在施工前完成所有必要的协商和补偿工作，以避免后续纠纷。
如果遇到补偿不合理的情况，可以通过法律途径争取自己的权益。
保持沟通渠道的畅通，及时反映问题并寻求帮助。