工资由人力资源（人资）发放的原因主要有以下几点：
提高企业规范性
通过人事外包公司发放工资，可以避免大量的现金支出，简化工资发放流程，节省时间和精力，使企业能够更专注于核心业务。
降低就业成本
用人单位在计算派遣人员的总支出时，可以根据市场价格确定工资标准，并且无需支付额外的计划外费用。劳务派遣专用发票可以计入用人单位的税前成本，从而降低综合成本。
提高工作效率
代发工资可以减少企业现金提取和发放的繁琐过程，提高财务管理的安全性。劳务派遣公司可以根据工资清单通过银行账户直接将工资分配给员工，节省了企业的时间和人力资源。
合理避税
代发工资可以优化企业薪酬结构，减少企业所得税。人力资源公司代发工资可以为企业开具正规增值税发票，作为企业费用申报，从而减少企业所得税额。
减少社保汇算清缴的工资额度
代发工资后，服务机构会开具正规增值税发票，企业可以将其作为费用申报，减少汇算清缴费用。
合同关系
员工通常与人力资源公司签订劳动合同，而人力资源公司再安排这些员工到实际用工企业工作。因此，工资由用工企业支付给人力资源公司，再由人力资源公司发放给员工。
财务集中管理
对于规模较大或财务人员不足的企业，通过人力资源公司代发工资可以集中管理工资事务，减轻财务部门的负担。
综上所述，工资由人资发放主要是为了提高企业规范性、降低就业成本、提高工作效率、合理避税、减少社保汇算清缴费用、优化合同关系以及集中财务管理。这些原因使得人力资源公司在现代企业中扮演着越来越重要的角色。