商业企业在运营过程中需要缴纳的主要税种包括：
增值税：
根据企业的销售额或服务收入征收，分为一般纳税人和小规模纳税人。
城市维护建设税：
根据企业缴纳的增值税或营业税额征收的附加税。
企业所得税：
根据企业的所得额征收，基本税率为25%，根据企业具体情况可能还有优惠税率。
房产税：
对房产的所有者征收的税。
城镇土地使用税：
对使用城镇土地的单位和个人征收的税。
车船税：
对拥有和使用车船的单位和个人征收的税。
印花税：
对某些法律文书、合同等征收的税。
教育费附加：
根据企业缴纳的增值税或营业税额征收的附加税。
个人所得税：
针对企业员工的工资、薪金所得征收的税。
其他税种：
可能包括资源税、土地增值税、车辆购置税、契税和耕地占用税等。
商业企业需要根据自身的经营状况和当地税收法规，按时缴纳相应的税款。